（一）沂河水系

位于市境东部。沂河在港上镇齐村入境，左岸有白马河、浪青河汇入，境内流域面积116.64平方公里，占面积5.6%。沂河是沂蒙山区洪水的主要通道，在省界以上流域面积10772平方公里。沿岸为沂河冲积土，土壤属棕潮土亚类，多为沙壤土，土层深厚，土壤肥沃，适于小麦、玉米、豆类等旱粮作物生长。

（二）中运河水系

居于市境中部。中运河从西北到东南迂回而下，从车辐山镇黄楼村入境，至窑湾入骆马湖，境内长56.1公里，流域面积41322平方公里。上游承受南四湖、邳苍地区和分洪道下泄之水，是行洪、排涝的主要河道。沿岸有陶沟河、京杭运河（不牢河）、西泇河（原道）、分洪道、城河、官湖河、六保河、房亭河等支流，境内流域面积1380.39平方公里，占地面积66.42%.

中运河两侧为黄河、沂河冲积土，属棕潮土亚类和黄潮土亚类，主要有淤土、黄土（两合土）、沙土等土质。土层深厚，肥力不等，适于种植稻、麦、棉、麻等作物。

（五）邳洪河水系，邳洪河是1958年结合中运河退堤开挖的人工河。1963年春，将民便河纳入邳洪河。1966年建成房亭河地下涵洞，将彭河从大庄圩改道至郭庙，经地下涵洞入邳洪河。至此，邳洪河形成一个独立的水系，成为运西地区的排水骨干工程。

邳洪河从房亭河口起，至皂河闸下入中运河，全长27.2公里，境内流域面积581.17平方公里，占总面积27.96%。全流域为黄泛冲积平原土壤，属潮土类，黄潮土亚类，分沙土、黄土、淤土等土属。其中插花分布有花碱土，属盐潮土亚类，肥力稍低。全区适种稻、麦、麻、烟、油料等作物。

（四）邳苍分洪道（简称分洪道），原系明，清年代引沂济运地洪水走廊，1958年开挖而成。承泄江风口分泄沂河洪水和邳苍地区区间来水，源起江风口，注入中运河，全长74公里，我市境内长34公里。林子水文站以上流域面积2450平方公里，多年汛期平均径流量5.47亿立方米。

（五）房亭河，系南水北调主要输水线路，也是邳南和运西地区主要排水河道，源起徐州东乔家湖，至房亭河入中运河，全长74公里，境内长35公里。流域面积836平方公里，多年汛期平均径流量2.04亿立方米。